Selon le règlement sur la passation des marchés publics (RMP)L 6 05.01. Art.15 al.3 c)
Les besoins scientifiques de l’Université de Genève nécessitent une plateforme de transcriptomique spatiale réunissant sept critères techniques déterminants. Les projets de recherche à mener exigent une technologie capable de les combiner simultanément : • Couverture génomique étendue : détection du transcriptome complet (≥ 18 000 gènes) au sein d’un même run, condition indispensable pour des analyses non biaisées et de découverte ; • Résolution subcellulaire moléculaire : localisation des transcrits avec une précision inférieure à 30 nm en XY et 250 nm en Z, permettant d’attribuer les ARN à des compartiments subcellulaires spécifiques (noyau, mitochondries, synapses, extensions cytoplasmiques) ; • Méthode non destructrice de l’échantillon : capacité à effectuer des analyses protéomiques ou autres marquages sur la même coupe de tissu après l’analyse transcriptomique (approche multi-omique) ; • Compatibilité universelle sans optimisation : protocoles pré-validés pour tissus FFPE (formalin-fixed, paraffin-embedded) et tissus frais congelés (FF), sans étape d’optimisation individuelle par type de tissu ; • Débit opérationnel élevé : capacité à traiter 4 lames de ≥ 5 cm² simultanément, soit ≥ 16 cm² de transcriptome entier par semaine, pour permettre des études à grande échelle dans des délais raisonnables ; • Spécificité analytique maximale : détection au niveau du nucléotide (SNV exprimés, variants d’épissage, séquences virales/bactériennes); • Qualité des données et rapport signal:bruit (SNR) élevé : détection fiable des gènes faiblement exprimés, avec un bruit de fond inférieur à 1 % et une corrélation élevée avec les méthodes de référence (scRNA-seq), garantissant la robustesse et la reproductibilité des données à l’échelle de la lame entière ; De plus, la compatibilité avec la protéomique spatiale (couplage PhenoCycler) : la méthode de détection transcriptomique doit être chimiquement compatible avec une analyse protéomique spatiale ultérieure par cyclage d’anticorps fluorescents (instrument PhenoCycler-Fusion, Quanterix/Akoya), dont le laboratoire est déjà équipé. A ce jour, aucune plateforme autre que l’Atera de 10x Genomics ne réunit simultanément l’ensemble des sept critères techniques déterminants.